ご質問ありがとうございます。
投稿頂いていた動画での再現手順で確認できた内容について、ご報告いたします。
Premiere Elements 11上で編集されているビデオのフレームサイズが、
720×480もしくは640×480ピクセルの4:3画面となっています。
このサイズでガベージマットキーを適用し、書き出し時に
縦横比16:9 1280×720ピクセル AVCHD 「YouTube ワイドスクリーン HD」
の設定で書き出しをされております。
作成時と書き出し時の縦横比、フレームサイズが違うため、ガベージマットでマスクされる領域の位置が、ずれてしまいます。これはガベージマットキーの 位置が書き出しのファイルサイズを元に決定される仕様によるものです。
これを防ぐには、編集時と書き出し時のビデオフレームサイズ（縦横比）を一致させます。
サンプル動画の例であれば、書き出し時のサイズ（プリセット）の選択で、
「MP4 - NTSC DV 標準」（4:3)を選択します。
もしくは、最終的にハイビジョンで書き出しするのであれば、プロジェクトの作成時にハイビジョン（16:9 ワイドスクリーン)の設定で作成し、書き出し時もハイビジョンのサイズを選択して書き出します。
ガベージマットキーの位置が書き出しのファイルサイズを元に決定される仕様につきましては、編集時と縦横比が違う書き出しという使用方法を十分に想定 できていなかったためか、分かりにくいものとなっていると言えるかと存じます。
こちらの件につきましては、今後の分かり易い製品開発のための開発部門にも報告させていただきます。
この度は回答が遅くなり、大変申し訳ございませんでした。
今後とも弊社製品のご愛用のほどよろしくお願いいたします。