こんにちは
この投稿、まだご覧になっているでしょうか。
＞１つづつなら選べるので仕方なく５０個以上のファイルをひとつづつ選んで直しました。
大変お疲れ様でした。最初からトリミングし直すと、またこれ大変ですよね。リンクを張り直した方が楽だと思います。
＞なぜそうなったかを考えましたが、別名で保存しました。 それが関係しているでしょうか？
その後、私もフォルダー名とファイル名の両方を変えて別名保存し確認しましたが、Premiere Elements12はリンクを張り直してくれ、「ファイル「・・・・・・・」はどこにありますか？」と言うウインドウは表示されませんでした。従って別名保存はこの問題には関係ないようで す。
で、下記①と②について確認して頂ければ有り難いです。
①edykkiさんは気付かないままフォルダー名を変更していませんか。
②また、「ファイル「・・・・・・・」はどこにありますか？」ウインドウでフォルダー名とファイル名を指定した後に、「選択」ボタンを押しましたか。