こんばんは
私は13を持っていませんので確認はできませんが、下記リンクから推定すると、どうもロック機能はないようです。持っている方が教えて下されば良いのですが。
Adobe Premiere Elements ヘルプ | Adobe Premiere Elements 13 の新機能
購入ガイド - バージョン別機能比較 | Adobe Premiere Elements 13
もしロック機能があれば、トラックの左端に南京錠のマークがあり、すぐに分かると思います（下図はPremiere Proの場合です）。
＞別プロジェクトで、同じ作業をしてみましたが、やはり一番上の層が反応してしまいます・・・
私には理由が分かりません。
どなたか13をお持ちの方で、この症状が発生するか否か書き込みをお願いできないでしょうか。