ちょっと気になりましたので、推定原因を考えてみました。
次のように推定しましたが、いかがでしょうか。
①どこかの段階で、気付かずに「101.wav」ファイルの保存先を例えば「A」→「B」フォルダーに変更した。
②次に、Premiere Elementsの起動時に（たぶん音声がすり替わる前）、「ファイル「101.wav」はどこにありますか？」というウインドウが開いたので、フォルダーは「A」、ファイル名は「100. wav」を指定した。
ここで、「101.wav」ファイルから「100.wav」ファイルにリンクが張られ、中味がすり替わってしまったと推定されます。
③その後、再生確認しないまま書き出しを行なったら、「101.wav」の音声が「100.wav」にすり替わっていた。
④最後にリンクを張り直したら正常に戻った。
今後の注意点として
①素材ファイルは誤って移動したり、気付かないで移動したりすることが無いように十分気をつけましょう。
②「ファイル「***.***」はどこにありますか？」と言うウインドウが表示されたら、フォルダーとファイル名を良く確認しましょう。
フォルダー整理の方法をこのフォーラムの別スレッド（下記リンク）の最後に記載しました。参考にして頂けたら幸いです。
https://forums.adobe.com/thread/1821962
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