こういう代替案はどうでしょうか。
①元プロジェクトを別名で保存（まさに保存用）。
②プロジェクトから映像クリップを消去しテロップおよびロールだけでファイル書き出しする。
③逆にプロジェクトからテロップやロールだけ消去し映像だけでファイル書き出しする。
④新規プロジェクトを作成し②と③の映像ファイルを読み込み。
⑤下位トラックに③、上位トラックに②を載せる。
⑥このままでは②の黒背景が抜けないのでエフェクトからクロマキー（もしあればですが）を②に適用して黒背景を抜く。
⑦この新規プロジェクトを書き出す。すでに映像ファイルになっているのでそれほど時間はかからないはずです。
ご提案として、やっぱり外付けに書き出すのはパワーが要ります、これでメモリ使うのはもったいない。
書き出し先はデスクトップで良いのではと思います。