主はオーディオなんですね。
タイムストレッチ機能はクリップ単位になりますね。ですから、クリップの繋ぎの部分にオーディオトランジションエフェクトをかけて、「一瞬音切れ」や「クリックノイズ発生」等の現象を目立たな くする方法はいかがでしょうか。
オーディオトランジションエフェクトは「アクションバー」の「トランジション」→「オーディオトランジション」→「クロスフェード」→「コンスタントゲインまたはコンスタントパワー」です。
両者の違いは、下記リンクの「使用できるトランジションのプレビュー」項の図の下のほうに説明があります。