Premiere Elements13を使用しています。
元動画：逆光で撮影した４K動画（MP4）。
手前側の建物（シルエットに近い暗い画像）と背景の空（白トビに近い明る過ぎる画像）と成っていたので、夫々に異なった露出、色調調整を行いたいと考え、トラック・マットキーを活用しました。
①建物部分を黒塗り背景は透明にした静止画（Premiere elementsのツール-フリーズフレームで切り出し後、Photosop elementsで加工）を用意し ビデオ３に配置
②背景の空に合わせた露出、色調調整をした動画をビデオ1に配置
③建物に合わせた露出、色調調整をした動画をビデオ２に配置
④ビデオ２にトラックマットキーのエフェクトを設定
マット：ビデオ３
コンポジット用マット：アルファー
以上の方法を5カットの動画に採用し１編の動画(2m50s タイムストレッチにより5倍速）に仕上げましたが
５カット中、後の２カットに明度変化と思われるチラツキが発生します。
（症状発生個所の一部をアップしています）
（確認した内容）
元動画による問題かと思い、トラックマットキーを外した単体（ビデオ１のみ）で確認すると発生しません。
問題が発生するカットだけの動画で、トラックマットキーを活用し出力すると、問題が発生します。
出力形式を変えても結果は同じでした。X-AVCS ,AVCHD
(PCのシステム）
Microsoft Windows 8.1 (64-bit)
Intel(R) Core(TM) i7-4790 CPU @ 3.60GHz
メモリ 16.00 GB
ビデオ カード - NVIDIA GeForce GT 720
以上 よろしくお願いします。