お早うございます
＞1 自動保存の保存先について
自動保存フォルダーはおまかせでは、Cドライブのドキュメントに入ってしまいます。詳細は下記⑤を参照してください。
＞Cドライブにはなるべくデータを保存したくないので他にも変更しておいた方が良い設定はありますか？
次のように行なうと良いと思います。下図を参照してください。図の上でクリックすると拡大します。
①一つの作品制作にあたり、プロジェクトファイルを保存するフォルダーを作成します（ここではGドライブに「20150416旅行」）。
②プロジェクトファイル（ここでは「旅行.prel」）は、そのフォルダー（「20150416旅行」）に入れます。
プロジェクトファイルは初期設定では、Cドライブのドキュメントに入ってしまいますので、メニューの「ファイル」→「新規」→「プロジェクト」を選択し、開いた「新規プロジェクト」ウインドウでプロジェクトの名前を入力し、保存先を指定すれば、指定のフォルダーに保存されます。
③そのフォルダー（「20150416旅行」）に、「音声」、「写真」、「動画」等のフォルダーを作成し、素材ファイルをそれぞれに分類して入れます。
④Adobe Premiere Elements Preview FilesフォルダーとEncoded Filesフォルダーはスクラッチディスクで指定したフォルダーの階層下に作成されます。初期値（プロジェクトと同じ）のままなら下図の通りです。プレビューファイルは主にレンダリングや書き出し時に作 成され、エンコードファイルは書出しを行なうと作成されます。
⑤Adobe Premiere Elements 自動保存フォルダーは、プロジェクトファイルを保存したフォルダーの階層下に自動的に作成されます。また、環境設定の自動保存で「自動保存の間隔」と「プロジェクトバージョンの最大数」を変更 できます。
⑥Layoutsフォルダーはワークスペースを変更した時に作成され、プロジェクトファイルを保存したフォルダーの階層下に自動的に作成されます。
⑦スクラッチディスクにはさらに「メディアキャッシュ」があります。Cドライブの階層の深いフォルダーに自動的に保存されますが、初期設定では例えばファイル容量が10GBに増えたとしても1か月間隔で5GBまで自動的に削除してくれる機能がありますので、そんなに気にする必要はありません。どうしてもと言うならキャッシュ用にSSD 約100GBくらいの専用ドライブを設けると良いと思います（高速転送のドライブが良いです）。
＞2 動画編集時のパフォーマンスについて
撮影はPSモード（AVCHD 1920×1080/60P 約28Mbps）で行なっているようですが、PCへの負荷は相当なものになると思います。「再生するだけでCPU使用率が6％もあります。」というのはここら辺が原因だと思います。GPUはレンダリングや書き出し時に威力を発揮しますので、 単なる再生ではそんなに使用率は上がらないと思います。
CPU負荷を減らすおよびレンダリングや書き出し時のGPUの負荷を減らすには、撮影モードを「FXモード」（AVCHD 1920×1080/60i 約24Mbps）、または「FHモード」（AVCHD 1920×1080/60i 約17Mbps）で行なったほうが賢明だと思います。
PCのスペックは4Kを念頭に入れるならば、
CPUは12コア24スレッドとのことで、申し分ないと思います（このフォーラムで私は初めて出会ったスペックです）。
メモリーは32GBまたは64GBに増設したほうが良いと思います。
データストレージは、SSDにすれば最高ですが、HDDの場合はSATA 7,200rpm 6Gbps対応でRAID-０構成にすると良いです。何しろデータストレージは転送速度を上げることが必須です。一般にHDDは外付けより内蔵ドライブが良いと言われていますが、これはたいていの場合内蔵ドライブのほうが転送速度が速いからです。
GPU（グラフィックカード）は、その性能が大変重要です。QUADRO K620ではCPUとのバランスが全く取れていないと思います。GeForce GTX780TiとかQUADRO K4200、K5200等なら良いでしょう。
とまあ、好き放題言ってしまいましたが、当然費用も跳ね上がります。予算との兼ね合いもありますから出来るだけボトルネックを回避するようバランス良く性能を向上させると良いと思います。
＞あと時々何もしてないのにCPU使用率が6％に・・・・この現象は何なのですか？すごく気になります。
何かバックグラウンドで動いているのではないでしょうか。