こんばんは
スクリーンショット、ありがとうございます。返信が遅れてすみません。
ビデオカメラの撮影モードも聞いておけばよかったのですが、59.94fpsがちょっと気にかかります。
プロジェクト設定（1番目のスクリーンショット）のフレームサイズ（1280×720ピクセル）と書き出し（4番目のスクリーンショット）のフレームサイズ（1920×1080ピクセル）が異 なるのが原因かなと思うのですが。
4番目のスクリーンショットのウインドウでプリセットを「F4V-HD 720p（Flash 9以上）」を選択して試してみてください。