＞編集した後、書き出しをすると、重ねた動画が切れてしまいます。
タイムラインのプレビューでは正常に合成されているが、・・・に書き出すと合成されないということですか。
＞再生している通りに焼けない場合はどのような事が考えられるのでしょうか？
現情報だけでは状況把握が難しく原因は分かりません。下記のような情報を頂けると、状況把握が一層出来ると思うのですが。
①タイムラインのスクリーンショット。
②プロジェクト設定内容。
③エフェクトマスキングの正確な名前。
④エフェクトマスキングをかけたトラックにはほかの映像はありますか。それらは書き出し後、正常に再生されますか。
⑤書き出しのメディアと設定内容。